Seiring dengan rekam jejak Kijang yang sukses membentuk pasar domestik, Toyota di Indonesia mendapat kepercayaan menjadi pusat pengembangan model MPV bersamaan dengan program IMV (Innovative International Multi-purpose Vehicle) yang sedang berjalan. Program ini melahirkan generasi kelima Kijang di tahun 2004 dengan sematan nama baru yaitu Kijang Innova, yang menjadi Kijang pertama yang focus hanya sebagai kendaraan penumpang dilengkapi dengan berbagai inovasi dan teknologi canggih. Citra Toyota Kijang Innova sebagai kendaraan premium mulai terbentuk dalam memenuhi kebutuhan mobilitas kalangan menengah.
Kijang Innova terus dikembangkan mengikuti trend dan kebutuhan yang terus berubah dari waktu ke waktu. Kijang Innova Reborn yang meluncur pada tahun 2015 mulai mengubah tampilan serta posisinya sebagai kendaraan keluarga premium namun tetap mempertahankan DNA Kijang yakni durable, comfortable, dan peace of mind. Saat itu, Indonesia kembali mendapatkan kehormatan untuk melakukan world premiere Kijang Innova Reborn berkat prestasinya mempertahankan keunggulan Kijang Innova. Pada tahun 2017, Kijang Innova hadir dengan varian baru yaitu Innova Venturer yang dilengkapi dengan tambahan fitur dan aksesoris premium.
Memasuki era elektrifikasi, Toyota memperkenalkan mobil konsep berbasis Kijang yaitu Kijang Innova EV Concept yang sepenuhnya menggunakan tenaga listrik sebagai penggerak, di ajang Indonesia International Motor Show (IIMS) 2022. Kehadiran Kijang Innova EV Concept ini mencerminkan semangat Toyota untuk membuat elektrifikasi dan local model menjadi bagian dari ekosistem industri otomotif nasional.
