Pendidikan S1 diselesaikan di Jurusan Ilmu Administrasi Negara FISIP Universitas Hasanuddin Makassar pada 1987. Gelar magister diraihnya dari Jurusan Administrasi Pembangunan Universitas Hasanuddin Makassar tahun 1997.
Muhlis meraih gelar doktor, dari Prodi S3 Administrasi Publik Universitas Negeri Makassar pada tahun 2010.
Ia terangkat sebagai dosen PNS di Kopertis Wilayah IX, dan dipekerjakan di Unismuh Makassar sejak 1989 hingga sekarang.
Sejak menjadi dosen di Unismuh, ia pernah mengemban beberapa jabatan. Ia pernah menjabat sebagai Pembantu Dekan 1 FISIP Unismuh pada tahun 1993. Setelah menjadi Pembantu Dekan, ia pernah menjadi Dekan FISIP Unismuh sejak 2005 hingga 2017.
Jabatan terakhir yang selesai diembannya sebelum ditetapkan menjadi guru besar adalah Asisten Direktur II Program Pascasarjana Unismuh Makassar (2017-2022).
Pengukuhan Guru Besar Muhlis Madani dihadiri sejumlah tokoh politik, tokoh masyarakat, dan akademisi dari berbagai perguruan tinggi. Tokoh yang hadir antara lain Bupati Bone Andi Fahsar M Padjalangi, Sekretaris Daerah Kabupaten Maros Andi Davied Syamsuddin, deretan tokoh lainnya.
Hadir memberikan sambutan, Kepala Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi Wilayah IX Andi Lukman, Ketua Badan Pembina Harian Unismuh Prof Gagaring Pagalung, dan Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulsel Muh Syaiful Saleh.
Beberapa tokoh hadir memberikan testimoni melalui video, antara lain Menteri Pertanian Syahrul Yasin Limpo, Gubernur Sulsel Andi Sudirman Sulaiman, Anggota DPR RI Azikin Solthan, Rektor Unhas Prof Jamaluddin Jompa, Bupati Bantaeng, Bupati Gowa, Bupati Maros, Bupati Luwu Utara, Bupati Wajo, dan Bupati Luwu Timur.
