Meskipun memiliki potensi ekowisata yang besar, Takabonerate masih terus menghadapi tantangan serius dalam upaya pelestariannya. Ancaman terbesar yang dihadapi adalah praktik penangkapan ikan yang merusak lingkungan, perburuan ilegal, dan pencemaran laut. Perubahan iklim juga merupakan ancaman serius yang dapat mengganggu ekosistem Takabonerate, mengancam keberlangsungan spesies yang hidup di sana. Pemerintah, bersama dengan lembaga konservasi dan masyarakat setempat, memiliki tanggung jawab besar untuk menjaga dan melestarikan Taman Nasional Takabonerate. Langkah-langkah perlindungan seperti pengawasan ketat terhadap kegiatan manusia di sekitar taman nasional, pendidikan lingkungan kepada masyarakat, serta kampanye perlindungan lingkungan yang lebih luas perlu diimplementasikan dengan segera.
Selain itu, potensi ekowisata Takabonerate perlu dikembangkan dengan bijaksana. Pengembangan pariwisata yang berkelanjutan dapat membantu dalam mempromosikan kesadaran akan pentingnya pelestarian lingkungan, sambil memberikan manfaat ekonomi kepada masyarakat setempat. Langkah-langkah ini harus diikuti dengan kebijakan yang ketat untuk menjaga agar pertumbuhan ekowisata tidak mengganggu kelestarian lingkungan. Dalam menghadapi tantangan perlindungan lingkungan, kerjasama antara pemerintah, lembaga konservasi, masyarakat lokal, dan penggiat lingkungan sangat diperlukan. Masyarakat lokal memiliki pengetahuan dan keahlian yang tak ternilai tentang lingkungan mereka yang dapat memberikan kontribusi yang sangat berarti dalam upaya pelestarian.
