Pada tahun 2000, Misbahuddin menjadi Pegawai Negeri Sipil (PNS) dan selanjutnya diangkat sebagi dosen pada Fakultas Dakwah dan Komunikasi UIN Alauddin Makassar. Selain mengajar, ia juga diamanahi sebagai Staf Khusus Pembantu Rektor bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama selama tiga periode pembantu rektor, serta ditugaskan pula sebagai Wakil Sekretaris Tim Pengembangan Perubahan dari IAIN menjadi UIN Alauddin Makassar, Membantu ketua TIM, Prof. Dr. H. Qadir Gassing HT., MSi; untuk menggodok proposal prodi-prodi umum diusulkan ke kemenristek dikti sebagai cikal bakal dibukanya prodi-prodi umum sebagai prasyarat utama lahirnya UIN Alauddin Makassar.
Pada tahun 2000 juga, Misbahuddin mempersunting seorang perempuan Bulukumba yang cantik bernama Andi Intan Cahyani, S.Ag., M.Ag., seorang teman sekelasnya di program Pascasarjana. Saat ini, Andi Intan Cahyani adalah dosen pada Fakultas Syariah dan Hukum UIN Alauddin Makassar. Mereka telah dikaruniai tiga orang anak: Muhammad Jauhari Mis’yan Misbahuddin, SH, Yasmin Mutiara Mis’yan Misbahuddin, dan Reyhan Yuda Perkasa Mis’yan Misbahuddin.
Beberapa jenjang karir yang pernah dijabat oleh beliau di antaranya;
Pada tahun 2004 sampai 2007 Misbahuddin menjabat sebagai Sekertaris jurusan Bimbingan Penyuluhan Islam pada Fakultas Dakwah dan Komunikasi UIN Alauddin Makassar.
Pada tahun 2012 sampai 2015, Misbahuddin menjabat sebagai Ketua Jurusan Manajemen Dakwah Fakultas Dakwah dan Komunikasi UIN Alauddin Makassar.
Pada tahun 2015 sampai 2019, dia mendapat amanah untuk menjadi wakil dekan Satu bidang akademik Fakultas Dakwah dan Komunkasi UIN Alauddin Makassar.
